台灣東洋身為國內生技製藥大廠，長久以來積極推廣勤洗手的衛教觀念，並於辦公室多處設置酒精消毒機，且讓員工免費領用口罩。亦於2019年年底觀察到新型冠狀病毒引發之肺炎，迅速成立緊急應變小組，針對電梯和辦公場所務必落實自主健康監測，呼籲同仁保持安全社交距離，徹底養成良好的公共衛生習慣，且配合政府政策提供同仁「防疫照顧假」。

員工的健康安全也是台灣東洋最重視與關心的，因此在2020年，TTY創生技產業的首例，規劃專供同仁上下班使用的「防疫專車」，並推出「共乘補助」方案，以共乘替代同仁們平日倚賴的捷運、公車等大眾交通工具，藉此降低搭乘的風險，且全額負擔共乘制度衍生的停車費用；此外，TTY也啟動彈性上下班機制，體恤因防疫專車或使用共乘計畫而增加通勤時間的同仁，皆能準時下班以搭乘防疫專車平安回家。
於公共場所等容易交叉感染的密閉空間，進行訪客管制，以視訊和線上會議取代面對面會議，並暫停所有出差計劃，務求全公司上下員工皆能安心工作；台灣東洋更定期檢討在家工作（work from home）制度，隨著疫情逐步降溫，施行異地辦公計劃，並於2020年6月15日恢復正常工作模式。

2021年5月，受華航機師以及萬華茶藝館群聚擴散影響，台灣本土疫情再次嚴峻，隨著疫情持續升溫，TTY重啟異地辦公和遠距居家辦公計劃，歷經10週（5/19~7/30）的WFH，於2021年9月疫情趨緩時恢復正常工作模式，但仍嚴守公司政策，一起守護台灣對抗新冠肺炎。而2021年員工旅遊受疫情影響被迫取消，故福委會決議將本年度同仁未使用到的員工旅遊補助福利改以電子禮卷發放，發放標準遵從旅遊補助之資格，讓員工基本權益獲得長足保障。
2022年受防疫旅館、醫院、桃園機場、高雄港等地之「境外移入」感染者影響，發生Omicron變異株（BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。因此，台灣東洋為保障員工健康，減少通勤往返時可能遭受感染的風險，再次於4月11日至7月1日共計12週，啟動異地辦公和遠距居家辦公計畫。待7月疫情趨緩後才恢復正常工作模式，但仍嚴守公司政策、配合政府防疫措施辦理，積極落實防疫，包括：自主量測額溫、落實自主健康監測、保持安全社交距離等相關措施。